Ma l'autorità di Kassem non era incontestata in seno all'esercito, e neanche in seno alla giunta. Molto rapidamente una frattura si sviluppò nelle file del nuovo potere, intorno a Kassem da un lato, e dall'altro ad una personalità dell'organizzazione degli "Liberi Ufficiali", il generale Aref, che cercò sostegni presentandosi come un fautore del panarabismo e dell'adesione alla Repubblica Araba Unita. Kassem da parte sua si rivolse all'unica forza significativa che come lui si collocava sul terreno del nazionalismo iracheno, cioè il PCI.

Così si formò una specie di alleanza di circostanza tra un generale nazionalista iracheno che però non aveva nessuna simpatia per il comunismo, ed un partito comunista tutto pronto a sostenere la giunta militare nell'ambito della sua politica di fronte nazionale, mirando ad una "collaborazione di tutte le classi e forze nazionali per modernizzare il paese". Per contraccolpo tutto ciò che il paese contava di forze conservatrici che la sola parola di comunismo faceva tremare raggiunse senza remore il campo del generale Aref.

Nel settembre 1958, Kassem dimise Aref da tutte le sue responsabilità militari. I ministri panarabisti furono sostituiti e Kassem rimase solo sulla scena, sotto gli applausi delle manifestazioni organizzate dal PC in onore della sua vittoria.

Kassem però si guardava bene dal dare la minima responsabilità ufficiale ai dirigenti del PC, che peraltro rimaneva un partito illegale e dovette anche aspettare fino al gennaio del 1959 prima di ottenere l'autorizzazione legale di pubblicare un quotidiano ! Ma questo non impedì al PC di proseguire nel suo sostegno incondizionato a Kassem, tanto è vero che non era pronto a proporre un'altra politica alle masse povere che guardavano nella sua direzione.

Kassem diede alla fine anche un piccolo posto ministeriale ad un membro della direzione del PC, e altri a due personalità che gli erano vicine. Ma questo nascondeva un colpo ben più serio, col quale si preparava a rivolgersi contro il PC. In effetti, al tempo stesso, riduceva il ruolo della milizia "resistenza popolare" cioè dell'organizzazione militare del PC, e mandava in pensione gli ufficiali più noti per le loro simpatie comuniste. Poi un'ondata di arresti colpì i militanti del PC, e "resistenza popolare" fu completamente disarmata.

Fu a quell'epoca che per la prima volta si sentì parlare di un certo Saddam Hussein in quanto membro di un commando organizzato da un piccolo partito panarabista, il Baas, per assassinare Kassem, comunque senza riuscirci.

Kassem aumentò ancora la pressione sul PC. Nel corso dell'anno 1960, il PC perse praticamente tutte le posizioni che aveva conquistate. Eppure la direzione del PC ruppe pubblicamente con Kassem, con toni molto cauti, solo nel marzo 1961, quando in risposta ad un'ondata di scioperi rivendicativi partiti da gli operai del tabacco Kassem fece sparare sui manifestanti a Bagdad, facendo parecchie decine di vittime. Quel giorno, per la prima volta, il PCI osò criticare Kassem e la sua politica di repressione contro i lavoratori. Ma era ormai troppo tardi.